专项资金是为完成特定工作任务或实现某一事业发展目标而安排的具有专门用途的资金。专项资金规模大，影响范围广。为了保障全民健康，国家逐年加大专项资金投入力度，2014年，全国财政医疗卫生（含计划生育）支出预算为10071亿元，比上年增长9.62%，比同期全国财政支出增幅高出0.47个百分点。巨额资金投入有力地改善了各地的卫生服务质量和各级医疗卫生单位的能力建设，促进了社会和谐发展。
我国卫生资源人均占有量非常有限，在投入有限的卫生资源，获得社会效益、经济效益、群众满意度最大化，是专项资金管理成功的标准。但专项资金在管理的方法、手段和制度方面存在一些不足，管理的规范化、精细化程度还不够高，主要表现在各机构对专项管理认知度不够，管理层不重视、极少项目执行单位有专项预算和专项具体的实施方案，即使有也是流于形式，可操作性不强，执行不到位，上级管理部门监督管理力度不大、缺少绩效考核机制等，这在一定程度上影响了社会事业的发展。完善卫生专项资金的监管力度、提高卫生专项资金利用效率效益是是亟待解决的重要问题，也是政府和广大群众关注的热点问题。下面从多方位、多层次阐述专项监管应采取的措施，力求使国家的专项资金真正的发挥作用，提高其使用的效率和效益。
一、卫生资源配置
（一）调整卫生资源分配结构
合理安排各项目间、各部门间的项目资金配比，防止出现专项资金沉淀或不足现象，使专项资金能够发挥更大的社会效益和经济效益。
改变现有的政府的卫生资源配置（包括人、财、物）结构，提高基层医疗社区和二级医院和疾控机构的卫生资源配置分配比例，使卫生资源配置由倒三角变为正三角形态。
（二）加大软环境投入
重视软环境建设，培养和提高专业业务人员素质、机构管理能力建设、组织能力建设、服务质量的提高等。
二、加强专项经费预算管理
（一）细化专项经费预算
首先业务工作安排应相对稳定，其次按照稳定的业务工作安排，制定科学、可行的、详细的预算，一经确定，不允许改变。而不是领导一拍脑袋，今天是这样的工作安排，明天换了个领导又是另外一种工作安排。如果这样，预算做的再好，也无法满足随时可能改变的业务工作。因为预算是根据业务工作的安排才有预算的。
（二）严肃专项经费预算
无论政府管理部门还是基层项目执行单位，专项经费预算一经确定，不允许随意改变，项目执行单位没有权力更改已经批复的专项预算安排。
三、引入协调机制
构建项目信息管理共享平台，使同一项目在各级卫生部门使用中能够科学、合理的分配和透明使用经费，以免造成不必要的浪费和重复。
四、制定项目管理方案和细则
根据本地区本部门本单位实际情况，依照上级方案的精神，制定适合本地区的项目管理方案和细则，落实工作任务和责任主体，明确执行时间、任务数量、质量和经费标准；细则要与上级项目实施方案保持一致，支出结算严格按照细则和预算执行，保证在规定的时限内完成。这再一次要求业务工作要相对稳定，再有科学的预算，才能有切实可行的项目实施方案和细则，否则所做的一切规定都形同虚设。
五、提高财务管理职能，健全财务内控制度
（一）加强财务管理工作
财务工作应从传统的财务核算提升到财务管理层面，实行事前、事中、事后的管理，达到财务监督、控制和预测的职能，进行预算控制、支出控制、货币控制。
（二）加强与财务人员沟通
专项资金在编制预算和财务结算时，项目业务执行部门要与财务人员沟通，以便项目执行符合财务制度，保证专项资金的正确使用，更好地完成项目管理和执行工作，最大限度地发挥专项资金作用。
（三）提高全员财经纪律意识，提高管理水平
通过多种渠道，开展财务专业知识培训，特别是对领导干部、项目管理人员进行财务相关的法律法规教育，重点加强廉洁自律、基本建设、财务管理、综合知识等方面的培训，不断提高项目资金管理能力与水平，杜绝浪费。
六、成立法定的专门职能机构
西方国家已经成立了法定专门职能部门，立法规范了政府卫生投入的效益，规定各个相关部门全力配合，评价结果获得政府、专家、民众三方认可。
长期以来，由于我国没有独立的卫生投入效益评价机构，卫生经费使用效益较低。因此，建议成立法定的专门职能机构，各部门有义务配合专项资金绩效评价工作。成立独立的职能机构既是计算指标的需求，也是政府管理卫生事业的客观需要。
七、加强对专项资金预算的审计监督
（一）公开专项资金审计结果
借鉴国外经验，每年将审计结果反馈各支出部门，并向社会公开，加强审计的社会监督力度。
（二）引入专业统计人才
审计部门应配备专业的统计分析人才，在审计过程中依据详尽的数据公正、客观地开展专业化评价。
（三）加强专项资金效益效果审计
目前，我国在卫生经费预算的审计监督方面缺乏关注资金的使用效率；审计部门局限于卫生专项资金的合规性审计，因业务水平与管理理念的局限，忽视了对卫生专项经费支出的效益效果审计。政府应加强审计监督机制，加强效益效果审计是保证卫生专项经费使用效率，避免资金浪费的关键。
（四）对预算执行结果进行审计
对各部门、各单位预算执行情况进行审计，对预算、决算执行结果明细项进行审计。
八、加大系统内部督查力度，强化问责制
（1）建立责任倒查机制，加大问责力度，对问题整改不彻底、措施不力、责任不落实的，要追究责任。坚决杜绝虚假、伪造现象。
（2）以结果为导向，构建激励和引导机制。
（3）适度灵活管理结余资金。转变传统的管理理念，通过对预算执行目标和结果的充分论证，以结果为导向，适度放宽对专项资金的使用的约束，在实现目标基础上适度灵活，允许在节约的资金按照比例分成共享或继续用于相关领域的业务工作。
（4）完善各项激励措施。工资待遇直接关系到人员的积极性和创造性，对卫生系统的工作可持续发展具有重大意义。各级项目执行单位的工作完成质量应有明确的人员奖励和工作经费的绩效奖惩制度。
九、建立公共卫生的效益评价系统
（一）制定效益指标，纳入政府官员考核
从各国的经验看，建立适合地区财政与卫生状况的评价体系是一项高难度工作，建议将专项资金绩效管理纳入政府领导考核指标，督促政府各职能部门的充分合作。建立各部门合作机制对专项资金分配、核拨、使用等环节进行全过程监督，加快专项资金拨付速度，管理部门及时下发项目管理实施方案，资金拨付一步到位，杜绝专项资金第二次分解。缩短专项资金到帐时间，推动项目执行进度。
（二）广泛的社会评价纳入评价系统
将社区、学术机构代表、私人和志愿组织、专业协会、群众代表等纳入评价系统，并占有相当比例。
老百姓是卫生专项资金的直接受益者，听听他们的感受是最直接的社会效益的体现。问询率要占到一定的比例，比如：社区是否有健康档案建立，并留有联系电话和身份证号，随时准备核实情况检查，防止开虚做假现象发生，使评价系统能够真实的反映项目资金的效益、效率。
（三）多种方式开展专项资金绩效评价
我国尚不具备全面推行绩效预算改革的条件，但针对卫生专项资金进行多种方式的绩效评价，不但为卫生专项资金预算方案的调整提供科学依据，而且为后续年度的预算决策提供有效参考。
（四）探索卫生专项资金绩效评价标准
评价标准是绩效评价体系的核心要素之一，评价标准能够通过量化的方式度量绩效管理水平，是评价工作的基本准绳和标尺。在现有的数据基础上，以资金安全和资金效益为主，探索科学合理的卫生专项资金绩效评价标准，系统地反映专项资金使用的数量和质量，在应用过程中逐步完善，以此保障常态化的绩效管理。