农产品、食品安全与大气污染、水污染一样，是涉及人们基本生活所需的关键性问题，也是涉及多方利益的复杂问题。调研发现，我国农产品、食品安全问题主要存在以下几个环节：
一是初级农产品源头污染较重。如农田用污水浇灌、滥用甚至违禁使用高毒农药；饲养禽畜滥用饲料添加剂，非法使用生长激素；在水产养殖中滥用氯霉素等抗生素和饲料添加剂等。这往往使高浓度有害物质从源头进入食物链，其摄入量无法控制。
二是食品生产加工领域假冒伪劣问题突出。如利用低劣的原料甚至用非食品原料生产加工食品，滥用或超量使用增白剂、保鲜剂、食用色素等加工食品；用地沟油加工食用油等；甚至一些不法分子为了牟取暴利，置他人生命健康于不顾，使用国家明令禁止的原料或添加剂生产劣质食品，或者违法销售过期变质食品。这些行为不但对消费者健康造成危害，而且导致消费者产生对食品行业的不信任感，从而引发整个食品消费领域信用危机。
三是食品流通环节经营秩序不规范。为数众多的食品经营企业小而乱，分级包装水平低；有些企业在食品收购、储藏和运输过程中，过量使用防腐剂、保鲜剂；部分经营者销售假冒伪劣食品、变质食品，还有的在农村市场、城乡结合部及校园周边兜售“三无”食品，给污染物进入食品消费领域创造更多的机会。
四是有关职能部门执法监管不利。《食品安全法》颁布施行后，部分省市的相关实施意见和配套制度未及时出台。由于相关法律法规不健全、行政执法部门又出于一些主观或客观原因，出现执法漏洞或者权力真空，在一定程度上助长了不法分子的嚣张气焰。农产品、食品安全涉及农业、林业、环保、质检、工商、卫生、商务、公安等多个部门，部分省份没有建立起统一协调的管理机制，各部门各自为战，难以形成合力。
五是部分消费群体自我保护意识淡漠。很多低收入阶层为了生存，不得不在廉价和高质之间选择了前者；而很多街头小贩也是出于生活所迫而出售一些没有卫生保障的食品。由此而产生的食品安全问题就屡见不鲜但又相对隐蔽。
为此，建议：
1.加快农业产业化进程，有效解决源头污染问题。从近年来的农业产业化进程来看，不但可以大大增加农民收入，提高他们的生活水平，而且使食品安全从源头上进入有序管理，提高了食品安全水平。无公害产品、绿色食品、有机食品等项目认证工作，对提高源头食品的安全水平起到了极大的推动作用。同时，广大农民在参与产业化活动中接触并接受了食品安全的观念，提高了食品安全知识和能力水平，自觉抵制一些环境污染严重的产品和行业，对食品安全具有一举多得的作用。
2.加强食品安全知识宣传，提高群众食品安全素质。负责的管理者、诚信的供应者和成熟的消费者，是食品安全的治本之道。作为行业监管部门，要向广大群众宣传国家有关政策法规和食品安全的相关知识，提高消费者认知能力和自我保护能力。要利用标语、短信以及网站、报纸等媒体及时发布食品监管法律法规和食品安全监管动态。对那些违法违规行为及时揭露与曝光，并将食品安全知识宣传活动与群众性文化活动相结合，普及全社会食品安全知识。采用行政监管和舆论宣传相结合的手段来遏制不法商家的不法行为。
3.加强监督网络建设，调动社会监督力量。狠抓食品安全消费维权监督员网络建设，聘任有素质、懂法规、知业务的人士担任食品安全消费监督维权员，将监管组织的职责延伸到村一级的基层，建立起覆盖全社会的食品安全监督网络。加强食品卫生、食品安全知识培训，着力打造具有较高监管能力和水平的督导队伍，可邀请人大代表、政协委员、新闻工作者、高校师生、质量投诉者和一些专业技术人员参与督导队伍的建设中。督导与检查的内容和程序依据《关于食品生产加工企业落实质量安全主体责任监督检查规定》，通过听取企业汇报、检查企业相关记录、查看企业生产现场、检验企业产品、约谈企业人员等方式进行，针对食品加工企业的各个环节，进行全面监督和检查。
4.建立食品行业协会，充分发挥行业协会的作用。针对不同的食品建立食品行业协会，对从业者进行职业道德和法制教育，推进诚信建设，培养自律精神。协会要定期组织会员学习，组织会员互相检查、参观、评议，相互监督。行业协会还应借鉴国外经验，规范食品行业标准、产品质量标准、检验检疫标准、环保标准等，提供给企业和政府相关的食品行业安全的研究对策。同时帮助企业解决因“绿色壁垒”引起的贸易纠纷，维护企业正当权益。
5.充分发挥政府职能，有效保障食品安全。各省应参照国家条例，制定、完善适合本省的食品安全条例，规范食品行业以及相关部门的具体行为标准，做到食品生产、加工、销售、消费以及监管各个环节都有法可依。通过建立食品安全监管体系、食品安全标准和检验监测体系、食品安全信息评价预警体系和食品安全社会监督体系等，构建完善的食品安全体系保障，确保供给市场的食品卫生、绿色、安全，让百姓食入踏实、放心的食品。