鱼池(特别是精养鱼池)因水体富含营养，易滋生多种病原体，若不及时采取灭菌杀虫措施，则会影响鱼类的正常生长。在养殖生产中，如能利用一些中草药对鱼池水体进行消毒和杀灭鱼体内的寄生虫，就可以收到事半功倍的防治效果。
一、大蒜
大蒜是一种常见的食用蔬菜。其地下鳞茎具有特异的蒜辣味和蒜臭，有效成分为大蒜素，又称“蒜辣素”，主要功能可行气消积、杀虫解毒，是常见的植物性杀菌剂，可用于防治鱼类的多种疾病。使用方法是：每100公斤鱼体重，每天用鲜大蒜0.5～1公斤，捣烂成泥后拌入饲料中(若再加入等量的食盐，则疗效更佳)投喂，6天为一个疗程，可预防鱼类的烂鳃病、肠炎病等；每100公斤鱼体重，每天用鲜大蒜0.5～1公斤，捣烂成泥后拌入饲料中(若再加入等量的食盐，则疗效更佳)投喂，6天为一个疗程，可预防鱼类的烂鳃病、肠炎病等；每100公斤鱼体重，每天用大蒜素4～7克拌料投喂，连喂4～5天，可防治草鱼、青鱼等细菌性肠炎病、烂鳃病、鳃真菌病、阿米巴原虫病和鳗鱼的一些细菌性病害。
二、乌桕
又名桕树、木梓树、木蜡树等。根、叶、皮中含有生物碱、有机酸、酚类等多种成分，主要抑菌成分为酚、酸类物质，可有效地防治鱼类的烂鳃病、白头白嘴病等多种病害。使用方法是：每1公斤乌桕叶干粉(或4公斤鲜叶)，用20公斤20％的石灰水浸泡数小时，再煮沸10分钟，按6.25毫克，公斤的浓度全池泼洒；亦可将鲜乌桕叶捣碎后水煮，连渣拌入饲料中投喂。
三、苦楝
为楝科落叶乔木，根、茎、叶中含有苦楝素、香豆精类、鞣质等，具有清热、燥湿、杀虫等功效，能杀死水体中的原生动物和驱除鱼类的肠道寄生虫。使用方法是：取楝树枝叶30～40公斤，直接堆放在鱼池中沤制，或用树叶60公斤煮汁后全池泼洒，可防治鱼类的车轮虫病和隐鞭虫病等；取楝树的根皮或茎皮煮汁，拌入饲料中投喂，可驱除鱼类的毛细线虫病。
四、烟草
含有1～3％的烟碱(尼克丁)，具有胃毒、触杀、熏蒸三种作用，能杀死农林生产中的多种害虫。近年来，烟草被广泛地用来防治鱼病，其使用方法是：每亩鱼池(平均水深1米)用干烟叶100～130克，亦可用廉价低档香烟7包，先放人开水中浸泡3小时，然后取汁加清水稀释，对全池均匀泼洒，可治疗草鱼等肠炎、烂鳃、赤皮病。
五、大黄
肉质根和地下的根状茎中含有蒽醌甙及多种蒽醌衍生物、鞣酸等，以大黄酸及芦荟大黄素抗菌作用为最强，具有泻热通畅、凉血解毒等功效，可防治鱼类的细菌性烂鳃病、白头白嘴病和肠炎病等，对草鱼出血病亦有一定的疗效。使用方法是：用其泼洒消毒时，先将大黄放在0.3％的氨水溶液中浸泡(1份大黄用20份氨水)，使蒽醌衍生物游离，待药液呈棕红色时(一般需12小时)再加水稀释成1～1.5毫克/公斤的浓度，全池泼洒。若将其与0.5毫克/公斤的硫酸铜液联用，则能获得更好的防治效果。需要注意的是，大黄不能与石灰合用，否则会降低药效。用其口服消毒时，需研成粉末，按每万尾鱼种用药250～750克拌入饲料中投喂，连喂3～5天；或每万尾鱼种用药500克，捣碎后以20倍水煎煮2～3次，每次煮沸10～15分钟，取药液浸泡米糠投喂，并结合药渣泼洒，连续3～5天。若在泼洒药渣时，在使用0.7毫克/公斤的硫酸铜溶液，对鱼类细菌性败血症也有良好的防治效果。
六、五倍子
含有大量的鞣酸，有收敛作用，能使鱼体皮肤、黏膜等局部的溃疡面蛋白质凝固，有较强的杀菌能力，常用于防治鱼类的烂鳃病、白头白嘴病、白皮病等多种细菌性疾病。使用方法是：先将五倍子捣碎，用开水冲溶，待全部溶解后再加水稀释(常用浓度为2～4毫克/公斤)，全池泼洒。